論文を書くために、日頃からやっておいた方がいいことは？

まず、分献を読む習慣を付けることです。たとえば、PubMedにキーワードを登録しておけば、該当する論文が発行されるごとに、メールでそのタイトルとリンク先が送られてきます。関連文献ばかりでなく、スタンダードとして、NEJMなどのレベルの高い英語文献を読んでおくことも有益です。また、製薬メーカーが独自に発信している文献情報も利用できます。中には日本語訳で発信しているコンテンツもあり、うまく使えば便利です（大鵬薬品では、肺癌に関する最新文献情報を http://lcu.jp/top_list.php で紹介しています）。

病院で契約しているジャーナルの数が少なく、自分で年間購読すると費用が馬鹿にならないので、なかなか論文が読めない。

自費で年間購読するのは、たしかにお金がかかります。そこで、PubMedで検索し、必要な文献だけオンラインのpay per viewで購入するという方法もあります。1報10〜30ドル程度で入手できることが多いです。発想を変えれば、無料だとむやみに文献を集めがちですが、自分で支払うことになれば、常に精査する習慣が付きます。
また、中には費用を払わなくても見ることができる、「オープンアクセスジャーナル」と呼ばれるものもあります。すべてを無料公開しているジャーナルはあまりありませんが、一定期間がたったあと、フルテキストを公開という形は多くみられます。参考までに、スタンフォード大学のプラットフォーム「HighWire」のリンク集をご紹介します。
http://highwire.stanford.edu/lists/freeart.dtl

文献の情報を手軽に知りたい。

主要なジャーナルでは、EメールやRSSフィード*によるアラートを備えていることが多いです。講読していなくても利用できることがほとんどのようです。また、PubMedでも同様のサービスがあり、特定のトピックの情報を集めるのに便利です。日本語の情報を入手したい場合は、製薬会社等が提供している日本語訳のコンテンツを利用することも可能です。
*RSSフィード：Webサイトの更新情報を配信するサービスのひとつ。配信を受け取って読むには、「フィードリーダー」と呼ばれるソフトウェアを使う。

PubMedの使い方がよくわからない。

PubMedは使いこなせれば極めて有用なツールです。検索では、通常の語句検索に加え、ジャーナル、発行時期の指定はもちろん、研究対象やトピック、研究デザインでも絞込みができます。また、EメールのアラートやRSSフィードの機能もあります。これまで検索だけで使っていた方も、いろいろな機能を試してみてはいかがでしょうか。日本語サイトや書籍でも、使い方の紹介はされているようです。